法律分析：员工在公司工作期间，如果公司犯罪行为导致员工权益受损，员工可以通过以下方式来保护自己的权益。
1.向公司申诉。员工可以向公司申诉，要求公司赔偿自己的损失。
2.向相关部门举报。如果公司犯罪行为涉及到违法犯罪行为，员工可以向相关部门举报，维护自己的合法权益。
3.寻求法律途径。如果公司拒绝理赔或者赔偿不合理，员工可以通过法律途径来维护自己的权益。
法律依据：
1.《中华人民共和国劳动法》第四十七条：用人单位有下列侵害劳动者权益的行为之一的，由劳动行政部门责令改正，赔偿劳动者的损失，并可以责令支付经济补偿金:……(五)侵犯劳动者人身权益的。
2.《刑法》第二百八十：单位犯罪，应当判处罚金，并可以并处剥夺政治权利、没收财产。
3.《刑法》第二百九十五条：单位犯罪的，应当依照本法规定从严惩处。
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