法律分析：公司犯罪调查可能会对公司的商业运营造成不可估量的影响，因此在处理此类问题时，需要注意以下几点：
1.合法合规：公司在运营过程中，必须遵守相关法律法规的规定，如税收、劳动、环境保护等方面的法律法规。如果公司在运营过程中存在违法违规行为，可能会被调查机构认定为犯罪行为，从而影响公司的商业运营。
2.合理配合：如果公司被调查机构调查，公司应该积极配合，提供调查所需的资料和信息，保持沟通畅通，并且不应该干扰调查机构的调查工作。
3.保护合法权益：公司在调查过程中，应该保护自身的合法权益，如知情权、申辩权等，同时也应该尊重调查机构的权力和调查程序。
法律依据：
1.《中华人民共和国刑法》第三十二条：企业、事业单位的工作人员有下列行为之一的，依照该行为的性质、情节和后果，可以处分或者追究刑事责任：
(一)有违法或者违反国家规定的行为的；
2.《中华人民共和国企业所得税法》第六条：所有企业和其他组织在中华人民共和国境内取得的所得，应当缴纳企业所得税。
3.《中华人民共和国劳动法》第十条：国家实行劳动合同制度，用人单位与劳动者应当依法订立书面劳动合同。
4.《中华人民共和国环境保》第二十九条：生产经营单位应当按照国家和地方的环境保护规定，采取必要的措施，防止和减少污染物的排放和环境污染。
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