员工解除劳动合同自离还是有工资的。如果员工在劳动合同期限内擅自自离后用人单位也是需要支付工资的，但是只会支付工作天数的工资，如果员工在自离后用人单位无法联系到劳动者本人也是可以暂时不发放工资的，当用人单位能够与当事人联系上但是拒绝支付工资时，员工也是可以通过诉讼方式来维权。一般情况下，如果用人单位不给劳动者支付工资，那么劳动者通常可以向劳动监察部门进行投诉，或可以申请劳动仲裁。用人单位有证据证明，由于劳动者的离职而给用人单位带来损失的，那么用人单位有权要求劳动者赔偿。
一、员工自动离职怎么发工资
1、根据《劳动合同法》第九十条规定，劳动者违反本法解除劳动合同，或者违反劳动合同约定的保密义务或者竞业，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任(目前内部仲裁规定，员工不辞而别造成损失，用人单位必须承担举证责任)。故对不辞而别的员工，用人单位有权追究其法律责任，但前提是要有员工造成损失的证据。
2、实际操作当中，企业如果没有及时解除劳动合同的，而且员工反悔要求继续履行劳动合同，或者要求缴纳期间的社会保险等，用人单位极有可能面临败诉的风险。单位在员工不辞而别的情况下，应积极履行通知解除劳动关系的程序，以避免可能发生的争议和风险。但现实操作过程中，有很多企业在履行解除劳动关系的时候还是没有及时，建议是在员工自离第二天寄送催告函，然后再按照催告函里面约定的时间寄送解除劳动合同通知书。如果没有及时解除劳动关系，那么在员工不辞而别的期间里，企业要承担非常巨大的风险。
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