1、税务成本相对较高
不能享受目标公司因亏损而带来的所得税的减免。交易时的税收成本也相对较大，房地产过户时的土地、契税、营业税、企业所得税等过户税费、设备转让时的营业税，目标公司清算后所得税，股东清算所得的所得税等。而股权转让方式，交易发生在目标公司的股东之间，收购股权系受让方对外投资，既不会对受让方产生税费，对目标公司的税务也不会产生影响。
2、资产收购改变管理者影响经营
而资产收购后需要逐步建立与员工的关系，生产经营可能会受到短期影响。目标公期经营而建立的品牌知名度在让渡到新企业时不能确保100％被认可或顺利对接。
3、特许经营项目存在不确定性
对于那些行业准入门槛较高的项目，如：环保审批严格的项目（排污指标、区域）、国家发展的项目（行业饱和、经济指标、布局），生产许可证是否能够顺利取得、审批所需化费的时间、精力乃至于财务成本都是受让方必须要综合考虑的。除此之外，资产收购的同时须办理商标、生产技术等的权属转移，办理手续相对复杂一些。
一、资产收购具有以下法律特征
1、资产收购协议的主体是作为买卖双方的两家公司，而不包括公司股东在内。因此，资产收购与控制权收购、股权收购的主体存在本质区别。
2、资产收购的标的是出售公司的某一特定资产，且不包括该公司的负债。
3、资产收购行为完成后，收购公司与目标公司各自保持自己的法律人格。
4、资产收购的法律关系虽然较为简单，但也可能发生相应的交易成本。
二、资产收购基本流程
1、收购方与目标公司或其股东进行洽谈，初步了解情况，进而达成收购意向，签订收购意向书。
2、收购方在目标公司的协助下对拟收购的目标公司资产及其上权利进行清理，进行资产评估，对目标公司的管理构架进行详尽调查，对职工情况进行造册统计。
3、收购双方及目标公司债权人代表组成小组，草拟并通过收购实施预案。
4、债权人与被收购方达成债务重组协议，约定收购后的债务偿还事宜。
5、收购双方正式谈判，协商签订收购合同。
6、双方根据公司章程或公司法及相关配套法规的规定，提交各自的权力机构如股东会就收购事宜进行审议表决。
7、双方根据法律、法规的要求，将收购合同交有关部门批准或备案。
8、收购合同生效后，双方按照合同约定履行资产转移、经营管理权转移手续，除法律另有规定外，应当依法办理产权变更手续。
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