单位不配合工伤认定做不了的，可以申请劳动仲裁或者通过诉讼的方式解决。发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。《中华人民共和国社会保险法》第三十六条职工因工作原因受到事故伤害或者患职业病，且经工伤认定的，享受工伤保险待遇;其中，经劳动能力鉴定丧失劳动能力的，享受伤残待遇。
工伤认定和劳动能力鉴定应当简捷、方便。
第三十七条职工因下列情形之一导致本人在工作中伤亡的，不认定为工伤：
(一)故意犯罪;
(二)醉酒或者吸毒;
(三)自残或者自杀;
(四)法律、行规规定的其他情形。
自己申请工伤鉴定公司不配合，只要提供相应的证据，同样可以申请工伤认定的，并不一定需要用人单位配合的。因为现实，很多用人单位都是不配合的。用人单位不盖章也能进行工伤认定的。
劳动者在工作或视同工作过程中因操作不当或其它原因造成了对人身的侵害，为了鉴定该侵害的主体而对过程进行的定性的行为。根据我国的相关规定，一般由劳动行政部门来确认。
综上问题所述自己申请工伤鉴定公司不配合，只要提供相应的证据，同样可以申请工伤认定的，并不一定需要用人单位配合的，我们要这样维护自己的权益。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》
第三十六条职工因工作原因受到事故伤害或者患职业病，且经工伤认定的，享受工伤保险待遇;其中，经劳动能力鉴定丧失劳动能力的，享受伤残待遇。
工伤认定和劳动能力鉴定应当简捷、方便。
第三十七条职工因下列情形之一导致本人在工作中伤亡的，不认定为工伤：
(一)故意犯罪;
(二)醉酒或者吸毒;
(三)自残或者自杀;
(四)法律、行规规定的其他情形。
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