我国刑事诉讼法确立了“以事实为根据，以法律为准绳”的原则，要求在刑事诉讼中必须查明案件事实。但知易行难，非法行医致死事实的查明绝非易事。医学领域对大多数法官来说，是一个陌生的专业领域，对非法行医致死事实的查明，法官往往依赖于专业的司法鉴定。但是，根据我国刑事诉讼法的规定，侦查机关、审判机关均可以地启动司法鉴定程序，犯罪嫌疑人、被害人仅有对鉴定结论的知情权和补充鉴定、重新鉴定的申请权，无权自己决定启动鉴定程序。

在这种情况下，控辩双方鉴定权明显失衡，容易导致鉴定的偏差。“在刑事司法中，受‘隧道视野’和‘证实偏差’影响的办案人员，可能会在证据尚不充分的情况下就过于自信地确认某人为罪犯，进而将调查集中于该犯罪嫌疑人，竭尽全力搜集可以证明该犯罪嫌疑人有罪的证据，而无视甚至隐匿那些能证明该犯罪嫌疑人无罪的证据。”2012年新修订的刑事诉讼法将“鉴定结论”修改为“鉴定意见”，鉴定人的法律地位由“科学的法官”向“准证人”转变。但由于刑事诉讼法的，鉴定多由侦查机关启动，鉴定人的鉴定意见会不自觉地倾向于侦查机关，容易导致鉴定偏差。我国司法鉴定改革将司法鉴定推向社会，虽增强了鉴定的客观中立性，但鉴定机构和鉴定人的良莠不齐，也增加了查明案件事实的难度。

医疗具有高风险性，从医者对疾病的诊断、治疗受医学发展水平的，不少检查、诊断和治疗方法都有一定的风险性。非法行医中就诊人的死亡大多由非法行医者的过失引发疾病或并发症，介入因素众多，因果关系十分复杂。吴家馼认为伤亡原因包括根本原因、直接原因、中介原因、辅助原因、伤亡诱因、联合原因、协同原因和伴发情况八类情况，从而对死亡原因做出了定性概括。于晓军等人更进一步，结合上述八类情况进一步划分了参与度，从而实现了对伤亡原因的定性定量分析。笔者认为，依据法医学理论对伤亡原因定性定量分析的司法鉴定意见只是查明案件事实的一种重要参考，不宜和法律上的因果关系及量刑直接挂钩。

鉴于非法行医致死案情的复杂性和后果的严重性，审判机关应强制鉴定人出庭作证，对鉴定意见做出详细的说明和解释。“量化法医学”采用参与度即被诉对象介入程度或所起作用的大小这一定量比例的方法去分析因果关系已被法医学界和法学界广泛接受，但目前我国还未建立统一的参与度标准，司法实践中广泛采用的有1980年Watanabe等提出了0-100%每隔10%划分11个等级参与度和1994年Wakasngi等提出的0-100%每隔25%划分5个等级参与度。笔者建议，庭审中应查明鉴定人是根据什么标准划分的参与度，认定参与度的具体根据是什么，是根据客观的事实还是根据自己经验作出的内心确认，能否排除合理怀疑，划分的参与度是确切的还是模糊的，参与度是在一个区间范围内还是一个确切的数值，经过庭审质证是否还对自己划分的参与度确信，有无动摇，是否对死亡原因仍存疑惑等。

一般情况下，非法行医致死的争论焦点都集中在鉴定意见，对鉴定意见进行充分专业的质证，案件事实一般都能“浮出水面”。庭审后，鉴定意见仍存在事实不清问题的，应适时启动重新鉴定。由于《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定》规定各鉴定机构之间没有隶属关系，处于平等的法律地位，鉴定意见没有效力高低之分，导致一些法官对重新鉴定心存顾虑，担心新的鉴定意见与原有鉴定意见不一致，让非专业人士更加无所适从。有鉴于此，2010年10月14日委召开司法鉴定改革工作会议，遴选了鉴定能力较强、专业技术水平较高以及鉴定实验室条件或者鉴定环境上较优的10家国家级司法鉴定机构，对非法行医致死案的重新鉴定应委托国家级司法鉴定机构进行，同时法官应加强对相关医学知识的查阅、学习并向相关专家请教，增强自身的质证、认证能力，减少对鉴定意见的误读误判。