已开具但未经认证的丢失的处理方法如下：
1、丢失联的处理，使用专用抵扣联到主管税务机关正常认证，将专用抵扣联作为记账凭证，并保留专用抵扣联复印件备查；
2、丢失扣除联的处理，专用可以用来联系主管税务机关进行认证，专用可以作为记账凭证，专用复印件保存备查。
根据《中华人民共和国票据法》规定，认证是指税务机关对一般纳税人取得的防伪税控系统开具的专用抵扣联和运输抵扣联，利用扫描仪自行采集其密文和明文图像，运用识别技术将图像转换成电子数据，然后对密文进行解密，并与明文逐一核对，以判别其真伪的过程。
一、税务局代开专用怎么填
根据我国法律规定。要求如下：
1、代开专用是指主管税务机关为所辖范围内的纳税人代开专用，其他单位和个人不得代开。
2、主管税务机关应设立代开专用岗位和税款征收岗位，并分别确定专人负责代开专用和税款征收工作。
3、代开专用统一使用防伪税控代开票系统开具。非防伪税控代开票系统开具的代开专用不得作为进项税额抵扣凭证。
4、本办法所称纳税人是指已办理税务登记的小规模纳税人（包括个体经营者）以及国家税务总局确定的其他可予代开专用的纳税人。
二、普票和专用的区别是什么？
专票和普票的区别是：1、抵扣不同。它们两者之间最大的区别是：的专用可以抵消进项税，而普通的是不可以抵消进项税的。后面联次、内容的区别都是基于此产生的；2、联次不同。的专用有四联，包括的有存根联、联、抵扣联、记账联。但普通的不能抵扣，所以没有抵扣联，只有存根联、联、记账联；3、使用的主体不同。专用一般是一般纳税人使用的，一般情况下，不包括小规模纳税人，小规模纳税人只能经税务机关批准后由当地税务机关代开；普通是未办理税务登记的纳税人也可直接向税务机关申请领购使用；4、的内容不同。专用除了包括普通所具备的内容外，还包括了方面的内容。
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