40万工程款税率按以下标准缴纳：1、营业税：按工程结算款计算缴纳营业税，税率3%。2、个人所得税：按工程结算款计算缴纳个人所得税，税率1%3、城建税：按营业税计算缴纳城建税，城建税税率：纳税人所在地在市区的，税率为7%；纳税人所在地在县城、镇的，税率为5%；纳税人所在地不在市区、县城、镇的，税率为1%。4、教育费附加：按营业税计算缴纳，税率3%。5、印花税：按建筑安装工程承包合同金额的0.3‰计算缴纳。法律依据：《建筑安装业个人所得税征收管理暂行办法》第十三条 对扣缴义务人按照所扣缴的税款，付给2%的手续费。第十四条 建筑安装业单位所在地税务机关和工程作业所在地税务机关双方可以协商有关个人所得税代扣代缴和征收的具体操作办法，都有权对建筑安装业单位和个人依法进行税收检查，并有权依法处置其违反税收规章的行为。但一方已经处置的，另一方不得重复处置。
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