1、行为对象不同。行政确认是指对行政相对人既有法律地位、权利义务的确定和认可，主要是指对身份、能力和事实的确认；行政许可的行为对象是许可行政相对人获得为某种行为的权利或资格。一般来说，前者是业已存在，而后者是许可之前不得为之。
2、行为的法律效果不同。行政确认中未被认可的行为或地位将发生无效的结果而不适用法律制裁；而在行政许可中，未经许可而从事的行为将发生违法后果，当事人将因此受到法律制裁。即前者的法律效果具有前溯性，对今后仅是一种预决作用；而后者的法律效果具有后及性，不具有前溯性。
3、所为的意思不同。行政确认行为表明行政主体的态度是对某种状态、事件、物或行为予以法律上的承认、确定或否定；而行政许可行为则是行政主体在对申请人的申请进行审查和判断的前提下，对申请是否予以准许或同意的行为。
4、行为性质不同。行政确认属于确认性或宣示性行政行为，它仅表明现有的状态，而不以法律关系的产生、变更或消灭为目的。行政许可，从其正常状态(即批准)而言是建立、改变或者消灭具体的法律关系，是一种形成性行政行为。
5、内容不同。行政确认行为的内容具有“中立性”，它并不直接为当事人设定权利或义务，对当事人是有利还是不利，取决于确认时原已存在的法律状态或事实状态；而行政许可行为则是一种授益性行政行为，它直接为申请人授益。
6、方式不同。行政确认既有依申请的确认也有依职权的确认；而行政许可则只能是依申请才能发生的行政行为。
7、表现形式不同。行政确认一般只能以证书形式出现；而行政许可的表现形式尽管以书面的形式为主，但也存在口头、默示等许可方式。
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