机关的立案程序是：
1、立案、侦查和提起公诉。
2、讯问犯罪嫌疑人、询问证人。
3、勘验、检查、搜查。
4、法庭辩论和最后陈述。
5、评议、判决、宣告判决。
法律依据:
《中华人民共和国刑事诉讼法》
第一百八十六条 人民对提起公诉的案件进行审查后，对于起诉书中有明确的指控犯罪事实的，应当决定开庭审判。
第一百九十六条 法庭审理过程中，合议庭对证据有疑问的，可以宣布休庭，对证据进行调查核实。
人民调查核实证据，可以进行勘验、检查、查封、扣押、鉴定和查询、冻结。
