法律分析：1、可以。员工自动离职是指员工没有按照法律规定提前通知单位自行离开单位，那么单位是可以以此辞退员工，并且扣除员工部分奖励性待遇作为处罚，但是员工工资还是需要支付，需要员工在单位办理离职手续之后单位支付员工工资。
2、如果单位拒绝支付是可以申请劳动仲裁进行维权的。或者先向劳动监察大队投诉。
《工资支付暂行条例》
第九条劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
第十各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：
(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资的；
(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。
经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》 第三十九条 劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
(一)在试用期间被证明不符合录用条件的；
(二)严重违反用人单位的规章制度的；
(三)严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
(四)劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
(五)因本法第二十六条 第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
(六)被依法追究刑事责任的。
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