汇总纳税
总分支机构企业的汇总纳税是指总机构和分支机构在纳税时按照行规范进行汇总，然后按照一定比例在两者之间进行分摊，最终就地进行缴纳或退库。具体做法如下：
1. 汇总计算企业所得税。总分支机构企业须按照行规范，根据各分支机构实际利润计算所得税，并将各分支机构的所得税汇总计算，得出总机构和所有分支机构的应纳税额。
2. 按比例分摊应纳税额。总分支机构企业的所得税缴纳比例是由税务机关根据税务登记证上的信息确定的。应纳所得税额按比例分摊后，就可以确定总机构和每个分支机构需要缴纳的所得税额。
3. 缴纳或退库。总分支机构企业可以选择在当地税务机关就地缴纳所得税，也可以缴纳后申请退库。在退库时，总分支机构企业须提交相应的申请材料，包括汇总计算表、税收管理部门或者财政部门出具的分摊比例、分支机构所在地税务机关出具的纳税证明等。
预缴税款
预缴税款是指企业在计算并缴纳当年所得税的过程中，提前缴纳一定比例的所得税款，以应对未来可能出现的税负风险。对于总分支机构企业来说，预缴税款的计算和划拨方式如下：
1. 计算预缴税款额度。总机构须按规定将应纳所得税额的50%按比例分配给各分支机构。分支机构需要在规定时间内就地申报预缴所得税，并报送相关材料。税务机关依据申报的各分支机构预缴所得税的信息，计算出企业整体的预缴税款额度。
2. 划拨预缴税款。总机构将企业整体预缴税款的50%划拨至各分支机构，由分支机构代为缴纳。预缴税款的划拨方式有两种，一种是按比例进行划拨，另一种是按实际经营情况进行划拨。
跨地区经营和二级分支机构的特别说明
对于居民企业的跨地区经营和二级分支机构，总分支机构企业所得税管理办法也有相关说明。在跨地区经营时，总分支机构企业需在各地纳税，同时需要满足下列条件：营业收入在跨地区的分支机构必须达到总收入的30%以上；跨地区分支机构必须开立银行结算账户；跨地区分支机构应向税务机关提交纳税申报表、资产负债表等相关资料。
对于二级分支机构，总分支机构企业所得税管理办法明确规定：二级分支机构可以直接缴纳所得税，也可以通过上级分支机构进行汇总缴纳；在预缴税款方面，上级分支机构依照总机构的要求进行划拨。
总之，总分支机构企业的汇总纳税和预缴税款是一个十分复杂的系统工作，需要企业落实相关的制度和流程，以保证企业所得税合规纳税。
【法律依据】
《中华人民共和国暂行条例》第二十二条纳税地点：（一）固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。（二）固定业户到外县（市）销售货物或者应税劳务，应当向其机构所在地的主管税务机关申请开具外出经营活动税收管理证明，并向其机构所在地的主管税务机关申报纳税；未开具证明的，应当向销售地或者劳务发生地的主管税务机关申报纳税；未向销售地或者劳务发生地的主管税务机关申报纳税的，由其机构所在地的主管税务机关补征税款。
（三）非固定业户销售货物或者应税劳务，应当向销售地或者劳务发生地的主管税务机关申报纳税；未向销售地或者劳务发生地的主管税务机关申报纳税的，由其机构所在地或者居住地的主管税务机关补征税款。（四）进口货物，应当向报关地海关申报纳税。
扣缴义务人应当向其机构所在地或者居住地的主管税务机关申报缴纳其扣缴的税款。