法律分析：招投标合同中的违约金应该由签订合同的各方在合同中自主约定。如果合同中没有明确规定，则一般遵循合同法中的相关规定进行计算。根据《中华人民共和国合同法》的规定，违约方应当按照约定的违约金支付；如果没有约定违约金的，应当根据违约方违约的程度以及因违约给对方造成的损失等情况进行合理计算。一般情况下，违约金不应过高，也不能低到不足以对违约方形成一定的威慑作用。
法律依据：
1.《中华人民共和国合同法》第九十一条：当事人可以约定违约金，作为一方违约时赔偿守约方损失的保证。
2.《中华人民共和国合同法》第一百八十九条：因违约给守约方造成损失的，违约方应当承担损失赔偿责任。
3.《中华人民共和国合同法》第八十二条：因不履行债务而造成损失的，应当赔偿损失。
4.《中华人民共和国招标投标法》第二十：招标人和投标人应当依据招标文件确定违约责任和违约金的数额。
因此，对于招投标合同中的违约金应该如何计算的问题，可以依据合同中的约定进行计算，如无明确规定，则需根据违约情况和因违约造成的损失等情况进行合理计算。同时，合同的违约金数额不应过高或不足以形成威慑作用，需要考虑到公平合理的原则。
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