首先，按规定，国家机关和事业单位工作人员被羁押期间停发工资。除此之外，对于其他员工，涉嫌犯罪被有关机关收容审查、拘留或逮捕的，公司在员工被人身自由期间内，可以暂停继续履行劳动合同，其中包括按时发放工资。其次，员工被停发工资之后，又被宣判无罪的根据不同对象处理如下：
国家机关和事业单位工作人员：
(1)未被劳动教养或治安拘留，单位也未给予行政纪律处分的，由原单位补发其被羁押期间的工资、奖金、津贴、补贴；
(2)未被劳动教养或治安拘留，单位给予行政纪律处分的，其被羁押期间的工资按照被取保候审和监视居住的工资处理办法执行；
(3)被劳动教养、治安拘留的，被羁押期间减发和扣发的工资、奖金、津贴、补贴不予补发。
免予追究刑事责任的，被羁押期间减发和扣发的工资、奖金、津贴、补贴也不予补发。员工经证明被错误人身自由的，被暂停履行劳动合同期间给员工造成的损失，可以要求有关机关赔偿。
一、劳动者被羁押可以解除劳动合同吗
在羁押期间可以暂停劳动合同的履行，不可以解除劳动合同。劳动者涉嫌违法犯罪被有关机关收容审查、拘留或逮捕的，用人单位在劳动者被人身自由期间，可与其暂时停止劳动合同的履行”属非刚性规定。
【法律依据】
《劳动合同法》第三十九条规的，劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
(一)在试用期间被证明不符合录用条件的；
(二)严重违反用人单位的规章制度的；
(三)严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
(四)劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
(五)因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
(六)被依法追究刑事责任的。
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