首先，用人单位应当以书面形式送达通知书，限定员工在指定是时间内回公司上班，并提出如限期内不上班的处理措施。其次，当员工擅自离职达到可以辞退的标准时侯，用人单位应当将解除劳动关系的事宜公开，并以书面形式送达离职通知书给员工，通知其前来办理交接工作以及离职手续。
至于通知书的送达，用人单位应采取挂号信或EMS形式，将通知书送达至员工信息登记的住址、身份证地址，或者经济联系人地址，并保存好回执。送达日期，以签收日期为标准。若员工不签收，或邮寄信被退回，用人单位应当完好保留邮寄信，如有争议发生，至开庭时方才当仲裁员的面打开邮寄信，以证明用人单位履行了通知义务和用人单位解除劳动合同的意愿。必要时，用人单位可以在报纸上登声明。
另外，如果员工违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业的，造成用人单位损失的，用人单位可以申请仲裁，要求员工赔偿损失。如果用人单位为员工支付了培训费用，而员工未到期离开的，用人单位可以要求劳动者赔偿培训费。如果员工未与公司办理离职手续就到其他公司上班，造成原公司损失的，公司可以要求员工赔偿损失。
一、员工擅自离职是否需要支付违约金
用人单位可以追究劳动者违约金情形的只有法律规定的情形，法律规定外的情形用人单位是不能够追究劳动者违约责任的。
劳动合同所规定的两种情形下可以约定违约金：
（1）接受了用人单位的专项培训，并且签订了服务期限，劳动者违反服务期限的，需要支付违约金；违约金的金额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期限尚未履行的部分所应分摊部分。
用人单位与劳动者约定服务期限的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期限的劳动报酬。
（2）劳动者签订了竞业约定，违反了协议的相关内容，需要支付违约金。
（3）劳动合同法所规定的除了以上两种情形可以约定违约金以外，其他不能设定违约金；
因此，自动离职，没有交接工作的用人单位可以追究其损失，对单位造成的损失，但是不能追究其相关的违约金。
二、用人单位追究违约金的法律依据
《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条：用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。
劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。
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