法律分析：学校无权扣留毕业证。毕业证书是证明学生已按国家要求完成学业，并经过考试考核符合国家相关规定，准予毕业的证明文件，校方无权扣押学生的毕业证书。如果学生因未按约定期限归还贷款或有其他违约行为，学校可要求学生承担相应的违约责任，履行归还义务、赔偿损失等。如学校仍扣押毕业证书，可以向提起诉讼。当然，学生一方也应当尽己所能、想方设法履行还款义务。
学生未交清学费，学校扣押毕业证不违法。借口如下：
1、法律、法规、规章并无明文限定禁止学校扣押学生毕业证。
2、毕业生未交清学费，学校让学生读到毕业，学校也尽力了，学生应懂得感恩。
3、学校扣押毕业证的前提是学生未交清学费，学生工作后挣钱了或者其他途径有钱了，赶紧还完学费，是能够拿回毕业证的，学生应该尽力在这方面努力。
4、欠费被学校采取措施也是正常的做法，不违背公序良俗，否则，因为个别学生不自觉，学校难以足额收到学费，影响学校正常运作。
法律依据：《普通高等学校学生管理规定》 第三十二条 学生在学校规定学习年限内，修完教育教学计划规定内容，成绩合格，达到学校毕业要求的，学校应当准予毕业，并在学生离校前发给毕业证书。符合学位授予条件的，学位授予单位应当颁发学位证书。
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