1、职工休年休假期间工资的计算。根据条例规定“职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入”。也就是说，休假等同于在正常工作。有些单位通过规章制度规定，职工休假期间工资计算基数为基本工资等，均不符合本条例规定。也就是说，上班获得了基本工资、岗位工资、奖金、出勤奖，休年休假一样应获得这些。
2、未休的年休假工资补偿的计算。前面提到，未休的年休假天数按日工资收入的300%支付年休假报酬。根据条例第2条“职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入”的立法思想，这里的日工资收入应按统计局第1号令关于工资总额的组成口径进行计算，包括：计时工资、计件工资、奖金（月度、季度、年度、出勤、超额等各种奖金）、津贴和补贴。对实行年薪制的，应以年薪为基数折算出日工资收入。
3、年休假工资计算不同于加班工资计算。在有的地区规定加班工资的计算基数可以通过合同约定。年休假条例明确规定年休假工资计算基础为日工资收入，尤其要注意该条例强调了计算基数是工资收入而不是工资。企业不能通过规章制度或劳动合同来约定年休假工资补偿的计算基数。因此，企业不安排员工休年休假，支出的工资成本将远高于安排员工休假。
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