农村合作医疗报销期限，各地规定不一样，一般是规定在当年报销，跨年度的不超过一季度。跨结算年度2个月，原则上不予结算。参合农民患病住院，可在全市范围内自由选择定点医疗机构就诊。
确因病情需要转到市外医疗机构就诊的，患者本人或其亲属必须在3个工作日内报市合管中心备案，以便核查。转至市外住院的医疗机构必须是公立二级以上医疗机构。在外务工的参合农民，因病在当地公立医疗机构就诊，由本人或其家属在3个工作日内向市合管中心申请备案，其发生的符合新型农村合作医疗支付范围的住院费用，先由个人垫付，治疗终结后凭当地公立医疗机构提供的出院记录、住院收费清单、收费收据，到市合作医疗经办机构申请办理补偿手续，经审核符合补偿条件的按市外医疗机构报销比例予以补偿。
一、农村合作医疗保障范围
大病保险的保障范围要与城镇居民医保、新农合相衔接。城镇居民医保、新农合应按规定提供基本医疗保障。在此基础上，大病保险主要在参保（合）人患大病发生高额医疗费用的情况下，对城镇居民医保、新农合补偿后需个人负担的合规医疗费用给予保障。
高额医疗费用，可以个人年度累计负担的合规医疗费用超过当地统计部门公布的上一年度城镇居民年人均可支配收入、农村居民年人均纯收入为判定标准，具体金额由地方确定。合规医疗费用，指实际发生的、合理的医疗费用（可规定不予支付的事项），具体由地方确定。各地也可以从个人负担较重的疾病病种起步开展大病保险。
二、农村合作医疗不宜报销的情况
1、非指定医疗机构。一般来说，农民朋友在新农合定点医疗机构就医看病均可报销，但如果到非指定医疗机构看病，那就难以报销了。此外，对于跨省就医的情况，也难以顺利报销。
2、未经批准擅自转院。有些农民生病时病情紧急，急需转院，家人往往不会考虑那么多，但如果未得到医院的批准，那么转院后的各项医疗费用只能由农民自己的承担，新农合不予报销。
3、报销时间逾期。根据我国新农合规定，新农合只能报销本年度的费用，如果农民朋友超过报销规定时间，那么将不予报销。一般来说，本地报销期限为1年，跨省就医报销期限为3个月。
4、药品不在报销范围。目前，我国新农合支持大多数药品报销，但对于一些价格昂贵的特定药物还是不能报销的，比如进口药。因此，农民朋友可根据自己的经济情况来选择进口药或者可替代的国产报销药。
5、未达到报销标准。新农合报销设有起付线，即农民朋友看病必须达到报销标准才能报销。依据我国新农合规定：乡镇医院起付线是100元以上，县级二甲医院是500元以上、三甲医院是2000元以上。
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