法律分析：机构认证方式变更申请的留存期限至少是两年。
法律依据： 《认证机构管理办法》
第十一条 认证机构有下列情形之一的，应当自变更之日起30日内，向认证认可监督管理部门申请办理《认证机构批准书》变更手续：（一）缩小批准认证领域的；（二）变更法人性质、股东、注册资本的；（三）合并或者分立的；（四）变更名称、住所、法定代表人的。扩大认证领域的，由认证认可监督管理部门按照本办法第九条的规定予以办理。
第十二条 《认证机构批准书》有效期为6年。认证机构需要延续《认证机构批准书》有效期的，应当在《认证机构批准书》有效期届满30日前向认证认可监督管理部门提出申请。认证认可监督管理部门应当对提出延续申请的认证机构依照本办法规定的资质条件和审批程序进行书面复查，并在《认证机构批准书》有效期届满前作出是否准予延续的决定。
第二十二条 认证机构应当对认证过程做出完整记录，保留相应认证资料。认证记录和认证资料应当真实、准确，归档留存时间为认证证书有效期届满或者被注销、撤销之日起2年以上，认证记录应当使用中文。在认证证书有效期内，认证活动参与各方盖章或者签字的认证记录、认证资料等，应当保存具有法律效力的原件。
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