功能性消化不良是多因素引起的一种功能性胃病。患者常有胃肠动力的障碍，包括胃排空延迟，胃十二指肠运动协调失常。还存在内脏感觉过敏，患者胃感觉容量明显低于正常人。内脏感觉过敏可能与外周感受器、传入神经、中枢整合等水平的异常有关。患者还有可能存在胃底对食物的容受性舒张功能下降，这一病变常见于有早饱症状的患者。
此外，精神和社会因素、幽门螺杆菌感染、急性胃肠道感染后、遗传因素等均与功能性消化不良有关。长期进食辛辣刺激食物也有可能导致消化不良；许多消炎药、治风湿病的药物，治中风、痛风等疾病的药物也会导致胃肠道损伤，而引起消化不良。
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