直肠炎，可以选择益生菌，如复方嗜酸乳杆菌，双歧杆菌，酪酸菌等，或者是黄连素，蒙脱石散等止泻治疗，如果有腹痛，可以选择抗胆碱能药物，如654-2，阿托品等，或者是肠道钙通道阻滞剂，如匹维溴铵等缓解腹痛，但最重要的治疗是针对病因的治疗。
直肠炎通常是由溃疡性结肠炎引起，可以选择氨基水杨酸类药物，糖皮质激素，免疫抑制剂，生物制剂等进行治疗。溃疡性结肠炎是一种多病因引起的，与自身免疫异常相关的慢性反复发作性的肠道炎症。溃疡性结肠炎的主要临床症状是反复发作的腹泻，粘液脓血便及腹痛。粘液脓血便是溃疡性结肠炎活动期的重要表现，大便次数及便血的程度与病情轻重有关，粪质多为糊状，重症可呈稀水样大便。
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