治疗胃窦炎症时，首先需要明确是否有幽门螺杆菌感染，如果呼气试验检测阳性，需要使用艾司奥美拉唑联合枸橼酸铋钾胶囊以及两种抗生素，共四联药物一起规范治疗10-14天。抗生素推荐选用阿莫西林、呋喃唑酮、克拉霉素或者四环素等耐药率较低的抗生素，一起规范治疗14天后，大部分胃窦炎症可以治好。
如果没有幽门螺杆菌感染者，胃窦出现炎症，可酌情使用艾司奥美拉唑、艾普拉唑或者雷贝拉唑等抑制胃酸分泌的药物，减轻胃黏膜炎症刺激，减少胃窦炎症。口服替普瑞酮或者瑞巴派特等保护胃黏膜药物来治疗。
