如果有腹痛时可口服匹维溴铵片或马来酸曲美布汀片缓解胃肠平滑肌痉挛，减轻腹部疼痛。口服双歧杆菌四联活菌片或酪酸梭杆菌片调理肠道菌群，减少腹胀腹泻。也可口服消化酶片、胰酶片等协助消化的药物，减轻腹胀腹泻的表现。如果反复发作功能性肠胃病患者影响了情绪，导致失眠焦虑的情况，可酌情使用黛力新或者圣约翰草等调节肠胃药物来处理。
功能性肠胃病的发生主要与饮食不当和精神紧张等因素而引起反复发作比较多见。因此，治疗功能性肠胃病，首先应该以饮食生活调理为主，可适当配合药物缓解症状。饮食生活上需要清淡，容消化，不吃辛辣刺激食物，不吸烟饮酒、饮浓茶、咖啡、碳酸饮料，避免精神紧张和熬夜，这些都非常重要。
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