引起非淋菌性尿道炎的主要病原体为生殖道衣原体感染，它是一种以衣原体为致病菌的泌尿生殖道系统感染。
其主要通过性接触传播，临床过程隐匿，迁延，症状轻微，常引起上生殖道感染，是最常见的性传播疾病之一。
女性感染主要表现为白带增多，体检时可见宫颈水肿，糜烂等，半数以上患者无自觉症状，上行感染可引起输卵管炎，子宫内膜炎，宫外孕，不孕症，甚至肝周炎。
此外，仅25%的女性患者出现尿道炎，表现为尿道口充血，尿频，甚至排尿困难等泌尿系统症状。
沙眼衣原体也可以由口_生殖器接触，导致咽部感染，还可以引起前庭大腺炎。
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