c1驾驶摩托车被扣12分的处理办法：首先要参加学习：需要在十五日内到机动车驾驶证核发地或者违法行为地机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。然后参加考试：机动车驾驶人参加学习后，车辆管理所应当在二十日内对其进行道路交通安全法律、法规和相关知识考试。考试合格者，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格者，继续参加学习和考试。拒不参加学习，也不接受考试者，由机关交通管理部门公告其机动车驾驶证停止使用。
C1驾照行驶摩托车是准驾车款不符，属于无证驾驶。被交警查出记9分，处200元之上两千元之下罚钱。
根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》第九条第五项：驾驶与准驾车型不符的机动车的机动车驾驶人一次记9分。
根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十九条第一项：未取得机动车驾驶证、机动车驾驶证被吊销或者机动车驾驶证被暂扣期间驾驶机动车的由机关交通管理部门处二百元以上二千元以下罚款。
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