工程逾期竣工违约金计算方法如下：
1、可以与承包人协商解决，包括交付时间、逾期交付的违约金、给发包人造成的损失等。
2、发包人对承包人造成的逾期竣工的违约行为可以主张解除合同。
3、要求承包方承担违约赔偿责任。
违约金是指当事人在合同中约定或者有法律所规定。一方违反合同时应当向对方支付一定数量的货币。违约金具有补偿的性质，当事人之间约定的违约金低于或者过分高于违约造成的损失，当事人可以请求人民或仲裁机关予以增加或者适当减少。
违约金条款是合同的重要条款，是担保合同全面履行、补偿守约方的损失、惩罚违约方违约行为的重要措施。因为违约金是合同条款，应当充分尊重合同当事人的意志、体现私权自治的法治原则；同时因为违约金是民事责任的承担方式，人民可以基于公权力对违约金进行调整，以保障合同正义性。平衡合同自由与合同正义原则的适用，违约金调整应当以尊重当事人约定为原则，以公权力干预调整为例外补充。违约金的过高或过低的比较标准是守约方的实际损失，工程索赔是指在合同履行过程中，对于并非自己的过错，而是应由对方承担责任的情况造成的实际损失向对方提出经济补偿和（或）时间补偿的要求。
违约金额度可以设置为具体数额，也可以设置为计算违约金（损失赔偿额）的方法，但是不管采用那种方法，都应该根据违约情况来确定，而不宜采用狮子大开口。约定的违约金低于造成的损失，当事人请求人民予以增加的，增加后的违约金数额以不超过实际损失额为限。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国民法典》 第八百零七条 发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除根据建设工程的性质不宜折价、拍卖外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以请求人民将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。
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