1、医疗机构的级别不同，报销比例存在差别不同地区的医疗门诊可接纳的特殊病种类在不断扩充，目前针对慢性特殊病规定的报销比例最高可达90%，像地中海贫血、血吸虫病、结核病、癫痫、儿童生长激素缺乏症等，这些常见类型的疾病多达三十余种，如果在一级医疗机构进行住院治疗，报销比例为90%，二级医疗机构的报销比例为80%，三级医疗机构的报销比例在60%左右。
2、患者的具体情况不同，报销比例存在差异每个城市及地区呈现出来的实际情况具有一定差别，像来自农村地区的贫困患者，其报销补偿比例可达90%，但前提是必须建档立卡，能证明自己的贫困身份，达到条件之后才能享受此类报销。
特殊病的类别很多也很广，达到将近二十种，导致疾病的病因也多种多样，例如人体各个器官产生的疾病，如肾功能衰竭、冠心病、肝硬化、支气管哮喘、慢性肺心病、重度前列腺增生、类风湿关节炎。也有人体免疫系统产生的疾病，如系统性红斑狼疮、糖尿病、血友病、骨髓增生疾病、肌萎缩侧索硬化症、结核病、再生障碍贫血。还有其它类别的疾病如帕金森病、脑血管后遗症、精神病等疾病。特殊病是随着医保的覆盖面加大而走进人们视线中的，花销大、治疗时间长，而且预后需要依靠药物维持原有生活水平的疾病。很多家庭条件并不好的患者在特殊病未纳入医保之前，没钱治也治不好，纳入医保之后患者可以根据所在地的医保，享受治疗的很多优惠。目前随着各地区医疗水平的提高，将更多的疾病纳入医保中。
【法律依据】
《中华人民共和国社会保险法》
第二十六条 职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。第二十 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
