特殊病种报销比例需视情况而定：
1、如果在一级医疗机构进行住院治疗，报销比例为90%；
2、二级医疗机构的报销比例为80%；
3、三级医疗机构的报销比例在60%左右。
医保指社会医疗保险。社会医疗保险是国家和社会根据一定的法律法规，为向保障范围内的劳动者提供患病时基本医疗需求保障而建立的社会保险制度。
按照规定，基本医疗保险不予支付费用的诊疗项目共五类。
1、服务项目类：部分医事服务费、院外会诊费、病历工本费等;出诊费、检查治疗加急费、点名手术附加费、点名手术附加费、优质优价费、自请特别护士等特需医疗服务。
2、非疾病治疗项目类：具体见下面的解析。
3、诊疗设备及医有用材料类：应用正电子发射断层扫描装置(PET)、电子束CT、眼科准分子激光治疗仪等大型医疗设备进行的检查、治疗项目。眼镜、义齿、义眼、义肢、助听器等康复性器具。各种自用的保健、检查和治疗器械。各省物价部门规定不单独收费的一次性医用材料。
4、治疗项目类：各类器官或组织移植的器官源或组织源;除肾脏、心脏瓣膜、角膜、皮肤、血管、骨、骨髓移植外的其他器官或组织移植;近视眼矫形术;气功疗法、音乐疗法、保健性的营养疗法、磁疗等辅助性治疗项目。
5、其他类：各种科研性、临床验证性的诊疗项目等。
【本文所涉及的法律依据】：：
《中华人民共和国社会保险法》
第二十三条
职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
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