1、缴费标准不同：新农合和城镇居民医疗险缴费参照系数不同，一般职工医保跟个人工资以及参保地平均工资水平挂钩，而新农合则根据当地的财政收入挂钩。
2、报销比例不同：虽然多地区都开始实行城镇居民医疗险和新农合统一，但是毕竟还需要时间，城镇医保的报销指数比新农合稍微高点。
3、投保对象不同：城镇居民医保是针对城市居民以及企业员工的，而新农合是针对农村人口实行的医疗保障制度。
4、报销范围不同：城镇医保在报销范围上比新农合稍微广一些，新农合在一些大医院门诊不能报销，但是正在向城镇居民医疗险靠拢。
5、覆盖人群不同。新型农村合作医疗由有户籍的农村居民购买，居民医疗保险由非农村居民购买。
居民医疗保险和新农合是什么？
1、城乡居民基本医疗保险是整合城镇居民基本医疗保险（简称城镇居民医保）和新型农村合作医疗（简称新农合）两项制度，建立统一的城乡居民基本医疗保险（简称城乡居民医保）制度。
2、城镇居民基本医疗保险是社会医疗保险的组成部分，采取以为主导，以居民个人（家庭）缴费为主，适度补助为辅的筹资方式，按照缴费标准和待遇水平相一致的原则，为城镇居民提供医疗需求的医疗保险制度。
3、新型农村合作医疗（简称“新农合”）是指由组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。其采取个人缴费、集体扶持和资助的方式筹集资金。
法律依据
《中华人民共和国社会保险法》
第二十三条职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
第二十四条国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由规定。
第二十五条国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和补贴相结合。享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由给予补贴。
第二十六条职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
