农村合作医疗和医保的区别如下：
1、投保对象，新农合是针对农村人口实行的医疗制度，医保是针对城市居民及企业职工（分为居民医保和职工医保两种）；
2、缴费标准，新农合和居民医保的缴费虽然每年是固定的金额，但职工医保则跟个人工资以及当地平均工资挂钩；
3、报销比例，多地已开始实行城镇居民医保和新农合统一的，新农合的报销比例也在逐渐往医保报销比例上靠近；
4、报销范围，医保报销范围比新农合广，像新农合在一些大医院门诊就不能报销，但也是上面提到了的统一，新农合的报销范围也正在向城镇居民医保靠拢。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
第七条
社会保险行政部门负责全国的社会保险管理工作，其他有关部门在各自的职责范围内负责有关的社会保险工作。
县级以上地方社会保险行政部门负责本行政区域的社会保险管理工作，县级以上地方其他有关部门在各自的职责范围内负责有关的社会保险工作。
