1、如果店长克扣员工工资，员工可以通过劳动行政部门投诉，或者直接向劳动争议仲裁委员会提起劳动仲裁。
2、可以通过消费者维权电话投诉，通过一些平台投诉，进行投诉最直接简单的方法直接找到店长的上司，也就是所在的公司经理等上一级部门直接反映。
3、劳动者认为用人单位侵犯其劳动保障合法权益的，有权向劳动保障行政部门投诉。可以投诉的事项包括：
(1)用人单位违反录用和招聘职工规定的。如招用童工、收取风险抵押金、扣押身份证件等。
(2)用人单位违反有关劳动合同规定的。如拒不签订劳动合同、违法解除劳动合同、解除劳动合同后不按国家规定支付经济补偿金、国有企业终止劳动合同后不按规定支付生活补助费等。
(3)用人单位违反女职工和未成年工特殊劳动保护规定的。如安排女职工和未成年工从事国家规定的禁忌劳动、未对未成年工进行健康检查等。
(4)用人单位违反工作时间和休息休假规定的。如超时加班加点、强迫加班加点、不依法安排劳动者休假等。
(5)用人单位违反工资支付规定的。如克扣或无故拖欠工资、拒不支付加班加点工资、拒不遵守最低工资保障制度规定等。
(6)用人单位制定的劳动规章制度违反法律法规规定的。如用人单位规章制度规定农民工不参加工伤保险，工伤责任由农民工自负等。
(7)用人单位违保险规定的。如不依法为农民工参加社会保险和缴纳社会保险费，不依法支付工伤保险待遇等。
(8)未经工商部门登记的非法用工主体违反劳动保障法律法规，侵害农民工合法权益的。
(9)职业中介机构违反职业中介有关规定的。如提供虚假信息、违法乱收费等。
(10)从事劳动能力鉴定的组织或者个人违反劳动能力鉴定规定的。如提供虚假鉴定意见、提供虚假诊断证明、收受当事人财物。
(11)劳动者认为用人单位等侵犯其其他劳动保障合法权益的。
劳动者对因同一事由引起的集体投诉，投诉人可推荐代表投诉。投诉应当由投诉人向劳动保障行政部门递交投诉文书。书写投诉文书确有困难的，可以口头投诉，由劳动保障监察机构进行笔录，并由投诉人签字。投诉文书应当载明下列事项：投诉人的姓名、性别、年龄、职业、工作单位、住所和联系方式，被投诉用人单位的名称、住所、法定代表人或者主要负责人的姓名、职务以及劳动保障合法权益受到侵害的事实和投诉请求事项。
法律依据：
《中华人民共和国劳动法》 第七十七条 用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。调解原则适用于仲裁和诉讼程序。
