1、双方协商解决首先劳动者应该跟公司协商，在和平友好的条件下达成一致。
2、申请调解劳动者遭遇克扣工资可以向劳动纠纷调解委员会申请调解。调解程序也由当事人自愿选择，调解协议不具有强制执行力，如果一方反悔，同样可以向仲裁机构申请仲裁。
3、提请劳动仲裁处理劳动者可以将劳动纠纷直接提请劳动仲裁处理，劳动仲裁程序是劳动纠纷的前置程序，只有经过劳动仲裁裁决后，才可以进行劳动纠纷诉讼。
4、诉讼解决通过诉讼方式解决劳动纠纷是由不服劳动争议仲裁委员会裁决的一方当事人向人民提起诉讼。也就是说劳动者因为工资等问题，对劳动仲裁的裁决不满意而想提起诉讼。对用人单位扣工资有争议时该怎么办如果劳动者与单位因报酬发生争议，可向仲裁机构申请仲裁，时效期限为一年。劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受该时效。但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。每月扣除的部分不得超劳动者当月工资的20％“严格来说，一般的公司是不具有罚款权的，罚款是《行政处罚法》赋予国家执法机关的权力，比如，罚款等。”但在实践中，员工被单位罚款的情况十分常见，比如，迟到早退“罚款”、旷工半天罚一天的工资、工作失误给单位造成经济损失“罚款”等等。迟到早退“罚款”最为常见，事实上这属于违法行为。因为一般而言，迟到早退几分钟，并不能给企业带来经济损失，并且企业应当在人力资源管理中设置应急预案加以解决。“旷工半天罚一天的工资，也违法，工作半天也应有半天的工资。”不过，因劳动者本人原因给公司造成经济损失的，公司可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。公司出台和公示处罚性劳动规章制度有效，要遵循两个原则，一是履行法律规定程序；二是内容不能侵犯员工正当利益。法律规定程序包括：劳动纪律规章制度方案须经员工代表大会或全体员工讨论提出；公司与工会或员工代表进行平等协商确定方案；由公司将劳动规章制度向劳动者进行公示。
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