加班旷工扣工资的计算方式是扣除当天没有来上班的那天的基本工资。
1、旷工不得克扣员工工资，旷工只能按事假扣工资，也就是说旷工当天没有工资，不能旷一天罚三天等等，类似做法属于违法行为。
2、旷工行为在很多单位属于严重违规违纪行为，可能会被开除，但单位不能扣押员工已上过班的工资。
3、有的单位会用其他方式，如按规章制度规定进行行政处罚，而不是直接克扣工资。
4、对于旷工扣工资的行为，可以先与单位协商解决，协商不成的，可以到单位所在地劳动监察大队去投诉立案处理。
一、员工旷工按用人单位依法制定的规章制度处罚。
旷工，指无正当理由不请假或者请假不准而不出勤，是严重违纪行为。原《企业职工奖惩条例》第十曾经规定：“职工无正当理由经常旷工，经批评教育无效，连续旷工时间超过15天，或者一年以内累计旷工时间超过30天的，企业有权予以除名”。计划经济时期，一些地方劳动部门也曾经规定，旷一扣二，即旷工一天，扣工资一天，另处罚一天。但这些规定均已废止。按《劳动法》规定，旷工如何处罚，由用人单位依法制定的规章制度规定。
旷工扣工资，旷一扣二，还是旷一扣三，超过当天的部分都是对职工的经济处罚。目前，对企业有无对职工罚款权，实践中是由争议的，原《企业职工奖惩条例》第十六条规定：“对职工罚款的金额由企业决定，一般不要超过本人月标准工资的百分之二十”，一部分人认为《企业职工奖惩条例》已废止，企业罚款权没有了法律依据，企业不能对职工进行罚款；另一部分人认为，《劳动法》赋予了用人单位依法制定规章制度管理的权利，按《最高人民关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》(法释〔2001〕14号)规定，用人单位通过民主程序制定的规章制度，经过公示的，规定了对旷工处罚的，应当有效。
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