办农副产品加工厂需要办理食品生产许可证、工业产品生产许可证、消防许可、环保批文、食品流通许可证等手续。
农副产品加工厂根据加工的农产品的种类，加工的流程，加工的不同程度，选择办理。
一、农副产品加工厂的手续及手续流程如下：
1、注册方式的选择：一种是到国家商标总局（办公地在北京）办理商标注册事宜（中国商标法允许本国公民直接向国家工商行政管理总局商标局申请商标注册申请）；另一种方式是委托商标代理组织来向本人提供商标代理服务；
2、商标再先注册权利的查询工作：商标查询是指商标注册申请人或其代理人在提出注册申请前，对其申请的商标是否与再先权利商标有无相同或近似的查询工作；
3、申请商标资料的准备：需出示身份证及递交本人身份的复印件、提供的商标图样必须清晰，便于粘贴，用光洁耐用纸张或用照片代替，长和宽不大于10厘米，小于于5厘米；商标图样方向不清的，应用箭头标明上下方、注册的商标规费：1000元；
4、商标注册申请人必须是依法成立的企业.事业单位.社会团体.个体工商业者.个人合伙或者与中国签订协议或与中国共同参加国际条约或按对等原则办理的国家的外国人或者外国企业；
5、商标审查是商标注册主管机关对商标注册申请是否合乎商标法的规定所进行的检查，商标的审定是指商标注册申请经审查后，对符合《商标法》有关规定的，允许其注册的决定；
6、直接办理商标注册的，商标注册人应在接到《领取商标注册证通知书》后三个月内到商标局领证，同时还应携带：领取商标注册证的介绍信；领证人身份证及复印件；营业执照副本原件，复印件应加盖当地工商部门的章戳；领取商标注册证通知书；商标注册人名义变更的需附送工作部门出具的变更证明。
二、在农村办食品加工厂的手续：
1、首要要办理的几个必备手续：一是工商局的营业执照，这个是成立企业的。有些省份允许成立小作坊的合伙企业，有的省市要求必须成立有限公司。
2、二是生产许可证的获得：食品的生产，都要获得生产许可证之后才能生产。申请生产许可证是到本地食药监局（有的是市场监管局），具体申请流程到食药监局咨询即可。如果没有许可证就贸然生产销售，被发现了肯定是会被处罚的。
3、加工厂需要有相应的生产设备、仓储设备、消毒设备和质量管理人员、质量管理制度，这些需要自己提前准备好。
4、食品工厂的员工，根据岗位情况，有些是需要取得健康证的。
法律依据
《中华人民共和国公司法》
第七条依法设立的公司，由公司登记机关发给公司营业执照。公司营业执照签发日期为公司成立日期。
公司营业执照应当载明公司的名称、住所、注册资本、经营范围、法定代表人姓名等事项。
公司营业执照记载的事项发生变更的，公司应当依法办理变更登记，由公司登记机关换发营业执照。
《中华人民共和国行政许可法》
第三十九条行政机关作出准予行政许可的决定，需要颁发行政许可证件的，应当向申请人颁发加盖本行政机关印章的下列行政许可证件：
（一）许可证、执照或者其他许可证书；
（二）资格证、资质证或者其他合格证书；
（三）行政机关的批准文件或者证明文件；
（四）法律、法规规定的其他行政许可证件。
　　行政机关实施检验、检测、检疫的，可以在检验、检测、检疫合格的设备、设施、产品、物品上加贴标签或者加盖检验、检测、检疫印章。
《中华人民共和国公司法》
第六条设立公司，应当依法向公司登记机关申请设立登记。符合本法规定的设立条件的，由公司登记机关分别登记为有限责任公司或者股份有限公司；不符合本法规定的设立条件的，不得登记为有限责任公司或者股份有限公司。
　　法律、行规规定设立公司必须报经批准的，应当在公司登记前依法办理批准手续。
　　公众可以向公司登记机关申请查询公司登记事项，公司登记机关应当提供查询服务。
《中华人民共和国公司法》
第七条依法设立的公司，由公司登记机关发给公司营业执照。公司营业执照签发日期为公司成立日期。
　　公司营业执照应当载明公司的名称、住所、注册资本、经营范围、法定代表人姓名等事项。
公司营业执照记载的事项发生变更的，公司应当依法办理变更登记，由公司登记机关换发营业执照。
《中华人民共和国食品安全法》
第三十五条国家对食品生产经营实行许可制度。从事食品生产、食品销售、餐饮服务，应当依法取得许可。但是，销售食用农产品和仅销售预包装食品的，不需要取得许可。仅销售预包装食品的，应当报所在地县级以上地方食品安全监督管理部门备案。
　　县级以上地方食品安全监督管理部门应当依照《中华人民共和国行政许可法》的规定，审核申请人提交的本法第三十三条第一款第一项至第四项规定要求的相关资料，必要时对申请人的生产经营场所进行现场核查；对符合规定条件的，准予许可；对不符合规定条件的，不予许可并书面说明理由。