一、农村合作医疗不能报销的情况
1、未在规定时间内报销：现如今的报销制度是只能在当年报销当年的医疗费用，过期既视为作废，如果是在外地就医，则需要在半年内就报销，不过大家可能也不会把这件事拖的太久，毕竟现在的报销流程也是比较方便的。
2、有赔偿单位或个人：因公或他人受伤的，医药费有他人或单位赔偿的，这种情况是不给报销的，不过具体的情况当然可以根据自身上报，这些事情大家都是很明白的。
3、违法行为所致造成的医疗费用：比如偷盗，酒驾，斗殴所造成的伤害，那么所有医疗费用也不在报销的范畴。
4、非疾病原因产生的医疗费：比如整形，瘦身，美容之类，并非疾病所构成的医疗费用是不给报销的。
5、主观原因的流产，堕胎产生的医疗费。
6、就医机构不是指定单位：参加农合医保应该采取就近原则，如果在外地就医，回到本地报销也是不符合规定的，当地医疗机构水平有限的时候需要转院的，也要出具医院的转院证明，才能顺利的报销。
法律依据
《农村合作医疗章程》
第一条 农村合作医疗是人民公社社员依靠集体力量 ， 在自愿互助的基础上建立起来的一种社会主义性质的医疗制度，是社员群众的集体福利事业。
第二条 根据的规定， 国家积极支持、 发展合作医疗事业，使医疗卫生工作更好地为保护人民公社社员身体健康，发展农业生产服务。对于经济困难的社队，国家给予必要的扶植。
《中华人民共和国社会保险法》
第二条 国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度,保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
第十七条 参加基本养老保险的个人，因病或者非因工死亡的，其遗属可以领取丧葬补助金和抚恤金；在未达到法定退休年龄时因病或者非因工致残完全丧失劳动能力的，可以领取病残津贴。所需资金从基本养老保险基金中支付。
第二十六条 职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
第二十 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
