签订时间不同。三方协议是学生在校期间签订的，劳动合同是劳动者毕业离校后与单位签订的。2.主体不同。三方协议的主体是三方，毕业生、学校、单位。劳动合同的主体为仅二方，劳动者和单位。3.内容不同。三方协议主要内容是毕业生想到单位就业，单位表示接受的，学校同意推荐毕业生就业。劳动合同是劳动者付出劳动，单位支付报酬对于双方的权利和义务。4. 目的不同。三方协议是制定毕业生就业方案，将来双方签订劳动合同的依据。劳动合同主要建立劳动关系后，是对劳动者和用人单位的权利与义务保障。5.适用的法律不同。三方协议主要根据《国家有关大学毕业生就业的规章》、《民法》、《合同法》订立等，劳动合同签订主要通过《劳动法》和《劳动合同法》。三方协议的有效期限是从合同日到毕业生到单位的期间。毕业生签订就业合同时还是学生身份，但签订劳动合同时应以劳动者身份。劳动合同签订后，三方协议的效力就消失了。劳动合同与三方协议的附件内容不一致的，以劳动合同为准。,《劳动合同法》第三条 订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。
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