三方协议违约金超过5000不合理。
应届毕业生不履行三方协议的必须向用人单位支付违约金，最高金额不超过5000元，反之，企业不履行三方协议的应向毕业生交违约金，最高为5000元，超过这个数额无效。具体情况如下
1、如果协议中约定了违约金，那么谁毁约谁就应该支付违约金，但是违约金过高的可以要求减少；
2、如果协议中没有相关违约金的规定，便不需要支付违约金。因此，不想去协议约定的岗位，在毁约之后是否支付违约金，需要按照协议书约定处理。
另外，签订三方协议时将直接涉及切身利益，所以在签约时要注意以下几个方面：
1、大学生签三方协议首先要看填写的用人单位名称是否与单位的有效印鉴名称一致，如不一致，协议无效。在填写自己的专业名称时，要与学校教务处的专业名称一致，不能简写；
2、外企、合资企业、私企一般采用试用期，根据合同期的长度，可以从1-3个月不等，通常试用期为3个月，不得超过6个月。国家机关、高校、研究所一般采用见习期，通常为一年；
3、约定违约金时不宜过高，学生在协商中要力争将违约金降到最低，通常违约金不得超过5000元；
4、毕业生就业协议属“格式合同”，毕业生可将签约前达成的休假、住房、保险等福利待遇在备注栏中说明，如发生纠纷可以拿这个维护合法权利；
5、学生在签订协议时，要严格按照规定的步骤进行。
法律依据
《中华人民共和国民法典》
第一百八十六条 因当事人一方的违约行为，损害对方人身权益、财产权益的，受损害方有权选择请求其承担违约责任或者侵权责任。第五百八十五条 当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
