已经超过诉讼时效的民事案件，不会直接判决原告败诉，只有在被告提出诉讼时效抗辩的时候，才会判决原告败诉。如果被告没有提出诉讼时效抗辩，原告有足够的证据证明，不能主动适用诉讼时效，应该判决支持原告胜诉请求。
一、公司债权债务什么时候会失效
公司债权债务不会失效，只是会在超过诉讼时效的情况下丧失胜诉权，丧失胜诉权并不意味着债权债务失效；
只是如果通过诉讼的方式追讨债务时，如果对方提出诉讼时效抗辩，原告一方会丧失胜诉权，会被驳回诉讼。
债权债务的诉讼时效为三年，从债务履行期限届满之日起计算；如果没有约定履行期限的，则债权人随时可以要求债务人履行，诉讼时效从债权人提出履行要求之日起计算。
二、超过诉讼时效的房屋合同怎么处理？
超过诉讼时效的房屋合同，当事人符合起诉条件的可以依法提起诉讼。我国法律规定，当事人超过诉讼时效期间起诉的，人民应予受理。受理后对方当事人提出诉讼时效抗辩，人民经审理认为抗辩事由成立的，判决驳回原告的诉讼请求。
三、合同合同违约损害赔偿诉讼时效是多长
合同违约损害赔偿诉讼时效是三年，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。超过诉讼时效以后可以起诉，但是如果被告以诉讼时效进行抗辩，查明以后，原告便丧失胜诉权，当然在被告没有提出诉讼时效抗辩的情况下，不能主动适用诉讼时效的规定。
【本文关联的相关法律依据】
《民法典》第一百八十
向人民请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民不予保护，有特殊情况的，人民可以根据权利人的申请决定延长。
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