股权转让协议是有时效规定的，如果因股权转让协议产生纠纷的，诉讼的时效为三年；如果因股权收购协议产生纠纷的，起诉时效为股东会会议决议通过之日起九十日内。
股权转让协议有效期从签署股权转让协议开始到股权转让协议结束。
有限责任公司股东履行出资义务是依据公司章程履行合同义务，未履行或未完全履行出资义务属于违约行为，其他股东有权对其提起要求补足出资的诉讼。诉讼时效期间应当依据公司章程规定的出资时间起计算，诉讼时效为三年。
一、股权纠纷证据有哪些
1、出资证明书
出资证明书属于源泉证明，公司设立后，公司应依法向股东签发出资证明书，无论是实际出资还是认购股权，发起人均能取得股东身份。股东取得出资证明书后，有权要求公司将自己记载于股东名册之中，并要求公司将其股东身份登记于公司的登记机关。
2、股权转让协议
股权转让协议属于源泉证据，是继受股东取得股东资格的前提条件，股权的受让人签署股权转让协议并不当然取得股东资格，还要看该笔转让是否侵害了其他股东的优先购买权。如果转让股东未履行通知权，了其他股东的优先购买权，其他股东均有权撤销该股权转让协议，公司也会拒绝登记继受股东身份，因此，受让人也无法获得股权。
3、股东名册
股东名册属于效力性证据，具有当然授予股东资格的法律效力，也是公司内部股权确认的重要依据。
4、公司章程等公司登记类文书
公司章程等登记类文书具有较强的公示、公信效力，属于股权的对抗要件，未经登记的事项不得对抗第三人。
二、公司能否作为股权转让主体？
不能。我国相关条款明确规定，股权转让关系主体应是股东;一般来说，公司不能作为本公司股权转让的协议主体。公司持有本公司股份的行为会使得公司股权失去最终的归属，与公司运作的基本法理产生冲突，同时也违反了公司的资本充实的原则，因此，公司是不应当成为本公司的股东的。在实践中和司法判例中，一般都认定本公司作为股权转让协议主体的情形下，该转让协议因决议产生程序不合法或转让主体不适格而无效。但是公司在特定情况下可以也应当持有本公司的股份。法律规定有下列情形之一的，对股东会该项决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权：(一)公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利，并且符合法律规定的分配利润条件的;(二)公司合并、分立、转让主要财产的;(三)公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。自股东会会议决议通过之日起六十日内，股东与公司不能达成股权收购协议的，股东可以自股东会会议决议通过之日起九十日内向人民提起诉讼。
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