在出版合同中维护双方利益，减少纠纷的方式如下：
1、协商，合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式；
2、调解，合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解如，一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解；
3、仲裁，合同当事入协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁；
4、诉讼，如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到，寻求司法解决。
法律依据：《中华人民共和国著作权法》第三十三条
图书出版者对著作权人交付出版的作品，按照合同约定享有的专有出版权受法律保护，他人不得出版该作品。
第三十四条
著作权人应当按照合同约定期限交付作品。图书出版者应当按照合同约定的出版质量、期限出版图书。
图书出版者不按照合同约定期限出版，应当依照本法第六十一条的规定承担民事责任。
图书出版者重印、再版作品的，应当通知著作权人，并支付报酬。图书脱销后，图书出版者拒绝重印、再版的，著作权人有权终止合同。
第三十五条
著作权人向报社、期刊社投稿的，自稿件发出之日起十五日内未收到报社通知决定刊登的，或者自稿件发出之日起三十日内未收到期刊社通知决定刊登的，可以将同一作品向其他报社、期刊社投稿。双方另有约定的除外。
作品刊登后，除著作权人声明不得转载、摘编的外，其他报刊可以转载或者作为文摘、资料刊登，但应当按照规定向著作权人支付报酬。
第三十六条
图书出版者经作者许可，可以对作品修改、删节。
报社、期刊社可以对作品作文字性修改、删节。对内容的修改，应当经作者许可。
