1、这类合同特别要注意审查合同总额或称工程总价和款项支付条款之间的联系，别要注意是否有对工程款的审计的条款。有些合同在工程概况条款中约定了合同总额，该数额是确定的，但在付款条款中又约定了经审计后再付款，显然，这样的合同条款是相互矛盾的，因当在合同总额中写明是暂定数额，具体款项案审计结果确定。
2、工程类合同涉及大量的合同附件，要注意与合同的相关条款的一致性。
3、竣工验收条款和付款条款是紧密联系的，因此要注意审查竣工验收条款。此外，竣工验收又关系到交付、保修期等。
4、注意违约责任的约定，特别要注意到工期延误、因工程质量问题造成无法验收时的违约责任等。
5、对于经过招投标程序的，还需要审查有关的招投标文件与合同约定是否相符。
一、如何防范建设工程合同的风险
建设工程合同又称建设工程承包合同，是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。建设工程一般规模大、周期长、投资多，而且其质量的好坏往往直接关系到人民生命财产是否安全。因此订立建设工程合同需格外谨慎。那么，如何防范建设工程合同的风险呢？
首先，发包方必需对承包方的主体资格进行认真审核。审核内容包括营业执照、企业等级证书、安全生产合格证以及其以往承包工程的质量等。建议经验不够丰富的发包人可选择一些各级工商部门评出的“重合同、守信用”建筑单位，因为这些单位的资质条件已经经过工商部门的严格审核，信誉程度较高。
其次，建设工程应采取招投标方式确定承建人，并严格按照招投标的有关规定操作。招投标应公平、公正、公开地进行，定标时要综合评价投标人的报价、工期、施工方案等，择优确定中标人。实际中，许多工程未采用招投标方式订立建设合同，而是搞人情发包，导致“豆腐渣”工程泛滥成灾。
最后，合同条款约定必须明确，以免给合同履行和纠纷解决带来困难，建设工程合同应对工程质量、价款支付、工程期限、工程验收以及质量保修责任等条款有明确具体的规定，否则一旦发生纠纷既影响工程建设，又造成经济损失。
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