一、工程合同纠纷诉讼时效
诉讼时效，是指权利人在法定期限内不行使权利即丧失请求人民依法保护其民事权利的制度。它是基于一定事实状态在法律规定的一定期限内持续存在而当然发生的，不为当事人的意志所决定。同时，诉讼时效的适用上存在法律的强制性，当事人不得自行协商确定诉讼时效。再者，诉讼时效是一种私权，不得主动释明和援用。如《最高人民关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的决定》(以下简称诉讼时效规定)第四条规定，当事人在一审期间未提出诉讼时效抗辩，在二审期间提出的，人民不予支持，但其基于新的证据能够证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间的情形除外。当事人未按照前款规定提出诉讼时效抗辩，以诉讼时效期间届满为由申请再审或者提出再审抗辩的，人民不予支持。主要理由在于：诉讼程序机制的建构实质蕴涵着通过构筑正当程序以保证私权争议获得公正裁判的诉讼理念。如果任由义务人在任何审理阶段行使诉讼时效的抗辩权，则将出现无法在一审审理阶段固定诉争焦点，无法有效发挥一审事实审的功能，使审级制度的功能性设计流于形式，产生损害司法程序的安定性、司法裁决的权威性、社会秩序的稳定性等问题。
二、工程合同纠纷诉讼时效的具体情况
1、工程质量缺陷不适用“出售质量不合格的商品未声明的”一年的短期时效，而适用一般诉讼时效为二年。
2、施工过程中出现的地基基础、主体结构以及竣工验收各阶段的施工质量缺陷争议，其诉讼时效自阶段质量验收发现缺陷或阶段质量验收未通过时起算；如质量缺陷争议已委托鉴定的，自鉴定单位出具鉴定意见后二年。
3、如合同约定发包人提出质量缺陷主张有除斥期间的，发包人在除斥期限届满未主张即丧失诉讼时效。发包人未经竣工质量验收或验收不合格便擅自使用工程，丧失主张一般部位和重要部位的诉讼时效，司法解释第13条对此有明确的规定。
4、工程交付使用后，发包人主张承包人的工程保修责任，诉讼时效根据工程不同部位的最低保修年限而定：
(1)工程一般部位即一般土建、装修和管道工程的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少2年的保修年限后二年；
(2)工程重要部位即有防水要求的屋面、墙面、卫生间的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少5年的保修年限后二年；
(3)工程主要部位即地基基础和主体结构的保修责任，诉讼时效根据工程设计的不同结构形式而定：
农村的砖木结构的房屋为不少于设计年限30年后二年；
城市的砖和混凝土结构的房屋为不少于设计年限50年后二年；
城市的钢筋混凝土结构的房屋为不少于设计年限70年后二年，上述案件法律据此受理完全正确；
城市的钢结构房屋为不少于设计年限100年后二年。
5、对承包人在缺陷责任期内应保修而未保修的责任，发包人的诉讼时效为缺陷责任期届满后二年。
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