抵扣进项税额是指企业在生产经营过程中购进原辅材料、销售产品发生的税额后，在计算应缴税额时，在销项 中应减去的进项额，简称进项税。进项税就是购进货物时所发生的税金，可以和销项税抵，如进项税多可做为留抵税，用于以后月份抵，若销项税多则应向税务部门交纳税款。 《中华人民共和国暂行条例》 第四条除本条例第十一条规定外，纳税人销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产(以下统称应税销售行为)，应纳税额为当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额。应纳税额计算公式： 应纳税额=当期销项税额-当期进项税额 当期销项税额小于当期进项税额不足抵扣时，其不足部分可以结转下期继续抵扣。
2007年7月1日起施行的《中华人民共和国农民专业合作社法》确立了农民专业合作社的法律地位。为促进农民专业合作社的健康发展，国家相继出台了一些税收优惠。如某屠宰厂（系一般纳税人）从某生猪养殖专业合作社（系一般纳税人）购进生猪（系农民专业合作社成员生产的免税农业产品），取得的普通能否抵扣？依据《财政部、国家税务总局关于农民专业合作社有关税收的通知》（财税〔2008〕81号）规定：对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征。一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13％的扣除率计算抵扣进项税额。该文件并未明确依据何种抵扣进项税额。而《财政部、国家税务总局关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节的通知》（财税〔2012〕75号）第三条明确规定：“《中华人民共和国暂行条例》第所列准予从销项税额中扣除的进项税额的第（三）项所称的‘销售’，是指小规模纳税人销售农产品依照3％征收率按简易办法计算缴纳而自行开具或委托税务机关代开的普通。批发、零售纳税人享受免税后开具的普通不得作为计算抵扣进项税额的凭证”。此文件的出台有点“下位法规范上位法”的味道，缩小了《中华人民共和国暂行条例》第界定的范围。因此，属于一般纳税人的生猪养殖专业合作社开具免税的普通不能作为屠宰厂抵扣进项税额的凭证。结合前后文件规定容易让人产生这样的误解：屠宰厂只能向生猪养殖专业合作社开具农产品收购，才能据以计算抵扣进项税额。而该生猪养殖专业合作社是有能力自行开具的纳税人，这么做显然不妥，却又没有否定的依据。由于农产品收购由纳税人自开自抵，存在很大的弊端。为进一步规范农产品进项税额扣除，堵塞征管漏洞，国家税务总局先后在部分行业试行农产品进项税额核定扣除办法，取消农产品收购只是时间问题。如果全面推行农产品进项税额核定扣除办法，上述问题就迎刃而解了。但在目前，笔者还是建议上级机关尽快出台，明确一般纳税人从农民专业合作社购进免税农产品凭何种抵扣进项，减少征纳双方矛盾，降低基层执法风险，切实落实惠农，更好扶持农业发展。
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