如果手机被机关监控了处理如下：
监控手机，经查明确实与案件无关的，应当在三日内解除扣押。机关监听手机条件是必须涉及到危害，恐怖等严重的犯罪行为。机关在立案后，对于危害犯罪、恐怖活动犯罪、性质的组织犯罪、重大毒品犯罪或者其他严重危害社会的犯罪案件，根据侦查犯罪的需要，经过严格的批准手续，可以采取技术侦查措施。侦查行为结束就不会监听手机了。
手机被监听有异常如下：
1、莫名的回接到很多骚扰电话。在发送信息或通话之后，查看自己号码的通讯记录（通讯清单），看有没有产生其他可疑的通讯记录。窃取信息的人是通过短信窃取私人信息的；
2、安装监听软件。监控手机都需要安装一个监控软件，而这样的软件都是隐匿运行的，很难检测到，如果怀疑自己的手机被监控了，可以备份手机上的必要软件和数据，然后恢复手机至出厂设置即可以了；
3、手机偶尔会卡顿，按键反应会比较慢或失灵。
综上所述，手机被机关监控，经查明确实与案件无关，应可以在三日内解除扣押。
【法律依据】：
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百五十六条
对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过二个月。案情复杂、期限届满不能终结的案件，可以经上一级人民批准延长一个月。
第一百五十七条
因为特殊原因，在较长时间内不宜交付审判的特别重大复杂的案件，由最高请全国人民代表大会常务委员会批准延期审理。
