甲、乙、丙三方协议乙方不盖章，甲丙打款已交易，该合同是否有效视情况而定：
1、乙方签字了但是没有盖章，合同有效；
2、乙方既无签字也无盖章，但已经履行主要义务，并且其他事人接受的，合同有效；
3、乙方既无签字也无盖章。也不同意履行义务的合同无效。
三方协议需要三方共同签字才成立的，三方协议有一方没有签字的，一般是无效的。但如果一方没签字，但已经履行主要义务，并且其他事人接受的，该三方协议有效。当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。 法律、行规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
具备下列条件的民事法律行为有效：
1、行为人具有相应的民事行为能力；
2、意思表示真实；
3、不违反法律、行规的强制性规定，不违背公序良俗。
综上所述， 在签订合同履行义务的时候，一定要注意合同最终的生效时间，是从双方签字盖章的那一刻开始算起，如果双方已经签订了合同，但是还没有盖章，那就表示该合同还没有生效，而且如果当事人已经在合同没有生效之前就打了款，那么另一方当事人如果承认就表示该合同生效，然后要及时补盖公章。
【法律依据】：
《中华人民共和国民法典》第四百九十条
当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
法律、行规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
