1、不会影响年终奖，否则用人单位属于克扣工资，劳动者可以到劳动监察大队投诉;
2、年终奖属于奖金，是工资总额的一部分，产假是女性职工的带薪假，产假期间相当于已提供正常劳动，用人单位未按约定标准向劳动者支付劳动报酬的，就是克扣工资。
相关知识：年终奖发放形式
双薪制
“年末双薪制”是最普遍的年终奖发放形式之一，大多数企业，特别是外企更倾向运用这种方法，即按员工平时月收入的数额在年底加发一个月至数个月的工资。这是一种有保证的奖金，一般外企普遍采用13薪、14薪或更多。
A：12+1方式
12+1的方法，即到年底企业多发给员工一个月的工资。这种是以时间为衡量指标的，只要你做满了一年，就可以拿到双薪。但这种方法在、新加坡地区已经不常用了。
B：12+2方式
当员工为公司服务了一整年，公司多发2个月的薪水作为奖励。这是非常灵活的做法，它一般有公司营业指标、客户指标和个人指标三方面来衡量。公司营业指标是以最少成本达到最优化效果，获得最大利润打分，客户指标是由客户满意度来打分，个人指标是由个人完成工作的质量和数量打分。一般地，公司营业指标在双薪中占10-20%，集体工作量占30-40%，而个人指标则在双薪中占到40-50%的分量。
也就是说，当你个人努力完成工作，发挥集体协作精神，完成公司营业目标时，才能最终获得双薪。这种灵活的做法，已经在国外非常流行。它充分调动员工个人的积极性，发扬团队合作精神，为公司做出贡献。
绩效奖金
这是一种浮动的奖金。根据个人年度绩效评估结果和公司业绩结果，所发放的绩效奖金，这时发放比例和数额的差距就体现出来了。通常情况下发放规则是公开的，相当于多少月的基本工资(而且级别越高的人奖金占总收入的比例越高)，但对每个人具体的绩效评估结果各个企业的处理方法不一样，有的对全员公开，有的不公开。
法律依据：
《女职工劳动保护规定》
第 女职工产假为90天，其中产前休假15天。难产的，增加产假15天。多胞胎生育的，每多生育一个婴儿，增加产假15天。女职工怀孕流产的，其所在单位应当根据医务部门的证明，给予一定时间的产假。
第十三条 对违反本规定侵害女职工劳动保护权益的单位负责人及其直接责任人员，其所在单位的主管部门，应当根据情节轻重，给予行政处分，并责令该单位给予被侵害女职工合理的经济补偿；构成犯罪的，由司法机关依法追究刑事责任。
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