派出所不同意户口迁入可以通过以下方式进行处理：
1、只要当事人符合当地的户口迁移，并且手续齐全的，派出所是不会为难的。
2、当事人可以咨询相应的派出所工作人员，不给迁户口的理由是什么（是不符合、手续不全、还是其他。
3、根据对方给出的原因，有针对性的改善。
4、如果对方无理拒绝，可以记下派出所具体工作人员的工号，向其上级领导反映此事。
5、如果对方的上级领导处理结果不能令当事人满意的，可以派出所的上一级门反映此事。
6、如果对处理结果还是不满意的，可以向当地的信访部门（信箱等）反映此事。
7、以上都不行的话，还可以寻求当地新闻媒体的帮助。
补办户口迁移证的流程如下：
1、交户口迁移证丢失的情况说明和书面补办申请；
2、学校出具何人何时何因迁往何地的证明；
3、已经报案的要出具丢失迁移证的报案证明；
4、往届毕业生必须出具迁往地派出所未上户的证明和户口迁移证存根的复印件；
5、户口迁移证存根在迁出地的机关查找；
6、学校保卫处不办理补办户口迁移证的手续，必须自己凭以上证明补办。
法律依据：
《中华人民共和国户口登记条例》
第十条
公民迁出本户口管辖区，由本人或者户主在迁出前向户口登记机关申报迁出登记，领取迁移证件，注销户口。
公民由农村迁往城市，必须持有城市劳动部门的录用证明，学校的录取证明，或者城市户口登记机关的准予迁入的证明，向常住地户口登记机关申请办理迁出手续。
公民迁往边防地区，必须经过常住地县、市、市辖区机关批准。
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