1、一户多宅不能进行确权。过去土地还没有确权的时候，有的家庭可能会对应不止一个宅基地，而现在我们国家确权采用的是一户一宅的标准，也就是说一户只能够确权一个宅基地，多余的宅基地会被集体回收，因此除了一个宅基地可以确权之外，剩下多余的宅基地都不能进行确权。
2、耕地上建设的房屋，下面的土地不能确权。在宅基地确权的过程中，只要土地上面建设房屋，一般都能够进行宅基地确权，但是如果房屋建设在耕地上，房子就属于违建的房子，因为我们国家有严格的耕地红线，不能随便在耕地上建设房屋。因此即使在耕地上建设房屋，下面的宅基地也不能进行确权。
3、非集体内的人购买的宅基地。不管是农村的房子还是农村的宅基地，其流转都只能在集体内进行，农村集体外的人无法购买集体内部的宅基地，当然这也是为了保护集体内的土地资源。因此如果过去由村集体外的人违规购买了宅基地，是不能进行确权的。
4、存在争议的宅基地不能确权。在进行宅基地确权的过程中，有些宅基地的归属存在纠纷，对于存在纠纷的宅基地，暂时不能够进行确权，只有等解决完纠纷之后才能够进行确权。
一、祖屋的宅基地怎样确权
1、祖屋的宅基地确权需要由本人向所在的农村集体经济组织或村民委员会提出用地申请；由农村集体经济组织村民委员召开其村民会议就村民提出申请进行讨论；村民会议讨论通过后，由村集体经济组织或村民委员会报乡审核。
2、法律依据：
《农村宅基地管理办法》第十七条
农村村民申请宅基地，应当向常住户口所在地的村民委员会或村集体经济组织提出书面申请，经村民委员会或村集体经济组织讨论同意，并将申请宅基地户主名单、家庭人口、原有房屋间数面积、申请建房占地面积、位置等张榜公布后无异议的，取得乡村建设规划许可证或建设用地规划许可证后，报乡镇审查，县土地行政主管部门审核，由县批准，其批准结果由村民委员会予以公布。
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