农村合作医疗医院门诊可以报销。
新型农村合作医疗是一种农民医疗互助共济制度，农民可以自愿参加。门诊费用可以报销，但报销比例和年限额有规定。村卫生室及村中心卫生室就诊的报销比例为60%，镇卫生院为40%，二级医院为30%，三级医院为20%。镇级合作医疗门诊的报销年限额为5000元。报销只适用于定点医疗机构的门诊和住院费用。报销流程是患者持医疗证到定点医疗机构就诊，自行缴费后，在规定期限内携带相关证明材料到新农合窗口进行审核和报销。
农村合作医疗的报销流程：
1、患者在定点医疗机构就诊，出示合作医疗证件；
2、医院根据患者的病情和合作医疗的规定提供治疗，并开具费用清单；
3、患者支付个人承担的费用部分，医院代扣代缴合作医疗报销的部分；
4、医院将患者的就诊信息和费用清单报送至合作医疗管理部门；
5、合作医疗管理部门审核费用清单，确定报销金额；
6、报销资金从合作医疗基金中划拨至医院账户。
综上所述，新型农村合作医疗作为一项农民自愿参与的医疗互助共济制度，允许农民在定点医疗机构就诊后，按照不同医疗机构设定的不同报销比例（村卫生室60%，镇卫生院40%，二级医院30%，三级医院20%）和5000元的年限额进行门诊费用报销，通过持医疗证自费就诊后，凭相关证明材料在规定期限内申请报销。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》
第二十
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
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