起诉期限是行政诉讼中的名词，诉讼时效是民事诉讼中的名词。两种时间间隔的规定虽然都有维护社会关系的稳定，惩罚“权利的睡眠者”的作用，但二者的区别也是很明显的。
1、二者性质不同
起诉期限是诉之合法的要件，即起诉能够被予以受理的法定条件，规定在行政诉讼法中，系诉讼程序法律制度；诉讼实效是诉之有理由的要件，即原告的诉讼请求能够成立的前提。
诉讼时效属于民事实体法律制度，规定在《民法典》中。
2、二者立法目的不同
《行政诉讼法》中之所以设立起诉期限，在于督促相对人尽快行使权利，提高行政机关执法效率，维护行政管理秩序的稳定。如果允许相对人任何时候都可以对行政行为申请救济，势必使行政行为一直处于被质疑和否定的状态，既影响了行政效率，又将给行政管理秩序带来混乱。
民事实体法中规定诉讼时效，其目的在于经过法定期间使原权利人丧失胜诉权，使长期存在的事实状态合法化，有利于经济秩序和法律秩序的稳定。
3、二者的起算时间不同
行政诉讼的起诉期限从相对人知道或应当知道具体行政行为之日起计算，其采取的是客观行为的标准，强调“行为”；而诉讼时效的起算时间从当事人知道或应当知道权利被侵害之日起，以当事人主观感知权利被侵害为标准，强调“权利”。
一、诉讼时效的特征有哪些？
1、诉讼时效属于法律事实。就时效对民事法律关系的效果而言，时效能导致权利的消灭，应属法律事实。时效的期间经过不受当事人意志的控制，就此而言，时效属于事件。
2、诉讼时效属于强制期间。诉讼时效期间由法律强行规定，当事人不得约定更改或预先抛弃，所以时效期间属法定期间。
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